Marguerite sinh ra ở Angoulême, Vương quốc Pháp vào ngày 11 tháng 4 năm 1492; là người con đầu lòng của Charles, Bá tước Angoulême và vợ là Louise của Savoy. Cha bà là hậu duệ của Charles V của Pháp; cụ tổ là Louis I, Công tước Orléans, tức là em trai của Charles VI của Pháp. Theo huyết thống, dòng dõi gia đình bà có quyền kế vị ngai vàng nước Pháp nếu Louis XII không có con trai nối dõi.

Ngày 16 tháng 2 năm 1488, Charles cưới Louise của dòng họ Savoy, con gái của Phillip II, Công tước Savoy và Marguerite của Bourbon, khi đó Louise chỉ mới 11 tuổi. Phu nhân Louise đương thời được xem là thông minh xuất chúng và xinh đẹp, và khi sinh ra đứa con đầu lòng thì bà đã đặt theo tên mẹ của bà, "Marguerite".

Hai năm sau khi Margueritte sinh ra, gia đình bà chuyển đến Cognac. Em trai bà là Francois được sinh ra tại đây vào ngày 12 tháng 9 năm 1494.